Auf der Insel gibt es insgesamt 53 Häfen. Davon sind 22 Sport- und Yachthäfen. 31 Häfen bieten Gästeliegeplätze an.

Zwischen der Halbinsel Zudar auf Rügen und Stahlbrode auf dem Festland verkehren zwei Autofähren der Weißen Flotte im halbstündlichen Wechsel. Von Rügen („Muttland“) nach Wittow verkehrt die Wittower Fähre, ebenfalls eine Autofähre der Weißen Flotte. Vom Fährhafen Sassnitz in Mukran gehen Fährverbindungen auf die dänische Insel Bornholm, ins schwedische Trelleborg, ins Baltikum nach Klaipeda und nach Sankt Petersburg ab.

Die Insel Hiddensee ist vom Fährhafen Schaprode aus im Linienverkehr mit Rügen verbunden. Außerdem verkehren Schiffe im Linienverkehr von Stralsund, von Wiek auf Rügen sowie von Breege nach Hiddensee. Im Ausflugsverkehr gibt es Schiffsverbindungen von Lauterbach nach Gager sowie zwischen Sassnitz, Binz, Sellin und Göhren.

Hinzu kommen Rundfahrten vor allem von Sassnitz aber auch von Lohme zum Königsstuhl. Ausflugsdampfer verkehren auch zwischen den Seebädern und Peenemünde auf Usedom; dort besteht Anschluss an die Usedomer Bäderbahn (UBB).